A mohácsi csata után, 1526 szeptemberében a győztes török seregek a környékbeli településekkel együtt Kovácsit is feldúlták, felégették. 1528-ban a teljesen lakatlan Alsókovácsit Bakyth Pál adta el Bakai Demeter diáknak. 1531-ben pedig János király más környező településekkel együtt Kiskovácsit is Buda városának adományozta. 1541-ben, Buda visszafoglalásakor harmadszor is elpusztult és elnéptelenedett.

1542-ben Bornemissza Gergely, volt budai polgár, Ferdinánd királytól megkapta néhai Schwinthammer Bálint Alsókovácsi birtokát is. 1554-tol a török defterekben Alsó- és Felsőkovácsi pusztaként szerepel, csakúgy, mint a Wattay család 1662-es birtokmegosztási perének irataiban. Buda visszavétele (1686) és a törökök kiűzése után a Habsburgok Buda környékét megbízható német ajkú telepesekkel kívánták benépesíteni. Ebben közreműködtek az elpusztult falvak előkerült birtokosai is.

Kovácsi birtokjogát a Wattay család már a török idők alatt biztosította magának. A 150 évig szinte lakatlan, illetve gyéren lakott nagykovácsi völgyet a Fekete-erdő környékéről, főként Hessen, Schwaben és Württemberg tartományokból érkező telepesek népesítették be. Wattay Pál toborzó levelének hatására 1700 május-június havában 14 német család érkezett társzekerekkel. Néhány család a Nagy-Szénás-hegy túloldaláról, Pilisvörösvárról települt át.

A földesúr adókedvezménye és a szolgáltatások elengedése meghozta eredményét. Az 1710. évi összeírás már 31 családot jegyzett fel. Ekkor már 592 holdon gazdálkodtak, amiből 200 hold szántóföld volt. A Rákóczi-szabadságharc (1703-1711)ezt a kialakulóban lévő falut sem kerülte el. Wattay János első kuruc alispánként csatlakozott Rákóczi fejedelemhez és a felduzzasztott Ördög-árok patak vizén (Morastl) lőpormalmot építtetett.

Ebben, a falu első bírója, Valentin Fröschl lőpormester Vak Bottán számára Buda 1705-ös ostromához készítette a nagykovácsi lőport. Ezt a malmot a szabadságharc bukása után 1711-ben Pfeiferhoffen báró, császári generális felrobbantotta. A falu Caraffa grófé lett. A Wattay család a szatmári béke után amnesztiával visszaszerezte és 1828-ig meg is tartotta nagykovácsi birtokait.

A szorgalmas svábok a mai község település szerkezetét a régi falutól nyugatabbra, az Ördög-árok patak két oldalán alakították ki. Ide építették kertes házaikat, míg a lankás hegyoldalakon hamarosan már több mint 2000 holdnyi földet vettek művelés alá. Kitermelték a közeli erdők haszonfáit, kibányázták az ásványkincseket. A községben 3 kőbánya, 2 mészégető és 1 szénbánya is működött. Bár 1737-ben egy pestisjárvány megtizedelte a lakosságot, 1744-ben új telepesek érkezése után, már 103 család népesítette be a völgyet, és számuk 1760-ig tovább nőtt. 1760-ig a falu német telepesekkel történő benépesítése befejezodött.1770-ben már 146 család, 1022 lakos élt a 133 házat számláló településen.

Nagykovácsi község 1770-ben jóváhagyott urbáriuma megemlékezik a nagykovácsi jobbágyok sorsáról, terheiről. A Mária Terézia által elrendelt úrbérrendezés alapján bevezetett egységes szabályozás után a nagykovácsi jobbágyok kedvezőtlenebb helyzetbe kerültek. Megnőtt az adózásra kötelezett telkek száma és a szolgáltatásokat is családonként kellett teljesíteniük.

Egy 1815-ös periraton a község köriratos, címeres pecsétjében a SIGILLUM LOCI NAGYKOVÁTSIENSIS 1801. felirat olvasható. 1828-ban házasság révén a Teleki-Tisza család tulajdonába került a falu. A növekvő terhek ellenére a lakosság létszáma 1842-re 1143 főre nőtt, a családok száma pedig elérte a 204-et. 1847-tol az egyházi krónikát, a História Domust magyarul vezették. 1848 őszén a falu 83 önkéntes nemzetőrt küldött Kossuth seregébe. 1849 májusában, Buda ostromakor Görgey Arthur tábornok főhadiszállása Nagykovácsiban volt, a Tisza kastélyban.

A szabadságharc leverése után a jobbágyrendszer megszűnésével a nagykovácsiak helyzete ismét jelentősen megváltozott. 168 perirat bizonyítja, hogy a volt kovácsi jobbágyok és Tisza Lajosné, gróf Teleki Julianna között 1856-tól1864-ig lefolytatott határrendezési perek eredményeként 2389katasztrális holdnyi terület került jogosan a falusiak tulajdonába. A Nagykovácsiban álló házak száma 1869-re 203-ra, a lakosok száma 1386-ra nőtt. Ez a szám a századfordulóra majdnem megduplázódott, elérte a 2012 főt.

A földműveléssel foglalkozó családok öt holdon aluli törpebirtokokon gazdálkodtak, a föld nélküli családok egy része pedig állattartásból élt.

A svábok háború utáni kitelepítése után megérkeztek az első magyar telepesek. Szeptember 8-án a Heves megyei Besenyőtelekről mintegy 80 család. Pár nap múlva a Szolnok megyei Jászfelsőszentgyörgy községből 15 család. 1946 tavaszán újabb 25 család Besenyőtelekről. Végül 1947 tavaszán a volt Felvidékről, Érsekújvár, Andód, Bajta, Szodó, Tardoskedd, Szimó és más községekből irányítottak ide 20-25 magyar családot.
Ezzel valamennyi elhagyott porta gazdára talált, 186 új birtokos nevét jegyezték be. Néhány csalódott család visszaköltözött eredeti lakóhelyére, de helyettük jöttek Budapestről ipari munkások és Mór környékéről bányászok. A 2400 holdas grófi erdő az Állami Erdőgazdaság kezelésébe került, és a volt Tisza István kertváros (ma Adyliget) melletti földrészből pedig állami gazdasági terület lett.

1959-ben Nagykovácsi termelőszövetkezeti község lett. A határ a Vörös Hajnal Mezőgazdasági Termelőszövetkezet birtokába került, melynek 1975-re már 12 üzemága és jelentős vagyona volt. 1977-ben egyesült a Rozmaring Mezőgazdasági és Kertészeti Szövetkezettel, a rendszerváltásig eredményesen működött.

1990 óta sok értelmiségi költözött a faluba. Mérnökök, ügyvédek, színészek, képzőművészek fővárosi lakásukat és városi életformájukat cserélték fel és építettek vagy újítottak fel Nagykovácsiban kertes házakat.

Válasz